Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein FKBP12 (PDB: 1FKB)

Dewi, Ajeng Indah Puspita (2023) Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein FKBP12 (PDB: 1FKB). Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (147kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (32kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (270kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (32kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (221kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (102kB)

Abstract

Sistem imun adalah kemampuan tubuh manusia yang berperan untuk melawan infeksi. Imunitas dihasilkan dari produksi antibodi spesifik yang dikhususkan untuk antigen tertentu. Antigen merupakan zat yang dapat merangsang imun tubuh untuk memproduksi antibodi dalam rangka melawan mikroorganisme berbahaya yang menyerang tubuh. Imunosupresan yaitu obat penekanan sistem imun, yang biasanya digunakan untuk mengendalikan manifestasi parah penyakit alergi, autoimun, dan yang berhubungan dengan transplantasi. Pada penelitian ini, konformasi awal diambil dari Protein Data Base (PDB) 1FKB, Selanjutnya metode yang diterapkan adalah metode flooding menggunakan potensial buatan untuk membuat kestabilan konformasi sampel dan muatan diturunkan menggunakan metode AM1-BBC yang diterapkan dalam program Antechamber dari AMBER18. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dari AMBER18 digunakan untuk mensimulasi bentuk apo dari protein FKBP12, lalu melakukan minimisasi energi menggunakan grompp untuk merakit struktur, topologi, dan parameter simulasi menjadi file input (.tpr), setelah mencapai kesetimbangan kemudian disimulasikan selama 10 ns dilanjutkan dengan flooding selama 10 ns dan diteruskan kembali dengan simulasi klasik selama 20 ns. Nilai hasil simulasi RMSD untuk semua atom protein memiliki rata-rata 0,23 nm, sedangkan rata-rata untuk atom backbone adalah 0,15 nm. Hasil rata-rata nilai RMSF untuk semua atom protein 0,16 nm sedangkan untuk atom penyusun tulang punggung protein memiliki rata-rata 0,1 nm.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
UNSPECIFIED
Uncontrolled Keywords: FKBP12, 1FKB, imunosupresi, imunosupresan, simulasi dinamika molekul, Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF)
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Ajeng Indah Puspita Dewi
Date Deposited: 17 Jul 2023 08:32
Last Modified: 17 Jul 2023 08:32
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/35843

Actions (login required)

View Item View Item