Simulasi MIP dengan senyawa sikloheksimida 2-(4-((2R)-2-((1S, 3S,5S)-3-5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6-dioksopiperidin-1-il)-N-((1R, 5S, 7R)-1-hidroksitrisiklo [3.3.1.13,7] dekan-3-il) asetamida

Solichah, Nadillah Hidayatul Ayu (2023) Simulasi MIP dengan senyawa sikloheksimida 2-(4-((2R)-2-((1S, 3S,5S)-3-5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6-dioksopiperidin-1-il)-N-((1R, 5S, 7R)-1-hidroksitrisiklo [3.3.1.13,7] dekan-3-il) asetamida. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (493kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (141kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (316kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (30kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (537kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (116kB)

Abstract

Bakteri Gram negatif Legionella pneumophila merupakan penyebab Legionnaires’ disease. Bakteri ini memiliki protein macrophage infectivity potentiator (MIP), yaitu suatu faktor virulensi utama. Pada penelitian ini akan dipelajari interaksi kompleks ligan 2-(4-((2R)-2-((1S,3S,5S)-3-5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6 dioksopiperidin-1-il)-N-((1R,5S,7R)-1-hidroksitrisiklo [3.3.1.13,7] dekan-3-il) asetamida dengan protein MIP, menggunakan metode simulasi dinamika molekul. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dengan medan gaya AMBER versi 18 untuk mensimulasikan kompleks. Simulasi dinamika molekul 200 ns menunjukkan nilai rata–rata RMSD untuk semua atom protein dan penyusun tulang belakang masing–masing adalah 0,26 nm dan 0,18 nm. Hasil perhitungan RMSF menunjukkan bahwa pada sub bagian 6 dan 13 memiliki fleksibilitas tertinggi. Interaksi antara MIP dan ligan turunan sikloheksimida terjadi melalui interaksi ikatan hidrogen (Y55, D66, Q78, A108, dan Y109) dan interaksi hidrofobik (T50, Y55, F65, D66, F77, Q78, S80, Q81, V82, I83, T86, D106, Y109, G110, R112, F114, I118, dan F126). Selama membentuk kompleks, ligan turunan sikloheksimida mengalami perubahan konformasi.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
UNSPECIFIED
Uncontrolled Keywords: Legionella pneumophila, macrophage infectivity potentiator, simulasi dinamika molekul.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: NADILLAH HIDAYATUL A.S
Date Deposited: 24 Jul 2023 03:28
Last Modified: 24 Jul 2023 03:28
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/36022

Actions (login required)

View Item View Item