Simulasi protein FKBP12- dengan senyawa sikloheksimida 2-(4-((2R)-2-((1S, 3S, 5S)-3-5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6-dioksiiperidin-1-il)-N-((1R, 5S, 7R)-1-hidroksitrisiklo[3.3.1.13,7]dekan-3-il)asetamida

Khomaro, Chika Isabella Mokola (2023) Simulasi protein FKBP12- dengan senyawa sikloheksimida 2-(4-((2R)-2-((1S, 3S, 5S)-3-5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6-dioksiiperidin-1-il)-N-((1R, 5S, 7R)-1-hidroksitrisiklo[3.3.1.13,7]dekan-3-il)asetamida. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
Abstrak.pdf
Download (242kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
Bab 1.pdf
Download (101kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
Bab 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (289kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
Bab 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (54kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
Bab 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (485kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
Bab 5.pdf
Download (109kB)

Abstract

FK506 Binding Protein 12 mengikat Rapamycin dan imunosupresan FK506 sebagai ligannya dan menghambat PPIase. Struktur FKBP12 mempunyai kemiripan dengan MIP, sehingga diperlukan ligan yang bersifat selektif terhadap MIP. Salah satu turunan senyawa sikloheksimida yang mempunyai kemampuan dalam menghambat kerja MIP yaitu 2-(4-((2R)-2-((1S,3S,5S)-3-5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6-dioksopiperidin-1-il)-N-((1R,5S,7R)-1- hidroksitrisiklo[3.3.1.13,7]dekan-3-il)asetamida yang digunakan dalam penelitian ini sebagai ligan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melihat fleksibilitas yang ditentukan dari nilai RMSD, RMSF, ikatan hidrogen, dan ikatan hidrofobik dari interaksi protein dan ligan dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekul. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dengan medan gaya AMBER18 untuk mensimulasikan kompleks. Simulasi dinamika molekul 200 ns menunjukkan nilai rata-rata RMSD untuk semua atom protein FKBP12 sebesar 0,15 nm dan untuk atom penyusun tulang belakang sebesar 0,08 nm. Hasil RMSF menunjukkan sub bagian nomor 2, 4, 6, dan 13 memiliki fleksibilitas yang tinggi. Residu asam amino sisi aktif yang terlibat dalam interaksi hidrogen dengan ligan yaitu Y82 dan H87. Interaksi ikatan hidrofobik menjadi interaksi dominan yang melibatkan residu Y26, F36, F37, P45, F46, Q53, E54, V55, I56, W59, Y82, I90, I91, L97, dan F99.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
UNSPECIFIED
Uncontrolled Keywords: FKBP12, sikloheksimida, simulasi dinamika molekuler.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Chika Isabella M.K
Date Deposited: 25 Jul 2023 05:14
Last Modified: 25 Jul 2023 05:14
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/36010

Actions (login required)

View Item View Item