Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein FKBP12 dengan turunan asam pipekolat ((S)-3-(3,4,5-Trimetoksifenol)Propil-1(Benzilsulfonil)-Piperidin-2-Karboksilat))

An'nisavia, Firli (2023) Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein FKBP12 dengan turunan asam pipekolat ((S)-3-(3,4,5-Trimetoksifenol)Propil-1(Benzilsulfonil)-Piperidin-2-Karboksilat)). Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (364kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (108kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (347kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (36kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (504kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (146kB)

Abstract

Legionnaires’ disease adalah penyakit menular yang menyebabkan pneumonia yang disebabkan oleh bakteri Legionella pneumophila. Pengobatan Legionnaires’ disease obat yang sering digunakan yaitu antibiotik, namun penggunaan antibiotik juga memiliki kelemahan yaitu terjadinya resistensi. FKBP12 adalah imunofilin 11,8-kDa yang dapat mengikat obat imunosupresan FK506 (tacrolimus) dan Rapamycin (sirolimus) dengan afinitas yang tinggi. Kemiripan struktur antara FKBP12 dengan Mip menyebabkan terjadinya masalah saat ligan berinteraksi dengan Mip. Mip (Macrophage infectivity potentiator) adalah faktor virulensi utama yang berasal dari bakteri Gram negatif Legionella pneumophila. Oleh karena itu diperlukan ligan yang menghambat Mip, tetapi tidak bersifat imunosupresif. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari interaksi protein FKBP12 dengan turunan asam pipekolat ((S)-3-(3,4,5-trimetoksifenol)propil1-(benzilsulfonil)-piperidin-2-karboksilat) menggunakan metode simulasi dinamika molekul dan penambahan potensial flooding. Simulasi dinamika molekul 40 ns menunjukkan nilai rata-rata RMSD untuk semua atom protein adalah 0,39 nm, untuk atom penyusun tulang belakang memiliki nilai rata-rata 0,33 nm. Hasil perhitungan RMSF menunjukkan bahwa residu asam amino yang bersifat paling fleksibel berdasarkan penomoran sub bagian pada RMSF adalah sub bagian nomor 2 dan sub bagian nomor 4 yang tidak memiliki residu pada sisi aktif, E54, V55, I56 pada sub bagian nomor 8 dan Y82, H87, I90 pada sub bagian nomor 13. Interaksi antara FKBP12 dan ligan turunan asam pipekolat terjadi melalui interaksi ikatan hidrogen antara I56 dengan oksigen karbonil pada gugus karboksilat, dan interaksi hidrofobik dari residu Y26, T27, G28, M29, L30, K35, F36, D37, S38, F46, F48, Q54, V55, W59, ILE76, PRO 78, TYR80, A81, Y82, H87, I90, I91, L97, V98, F99, D100 dan V101.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
UNSPECIFIED
Uncontrolled Keywords: Legionnaires’ disease, FKBP12, RMSD, RMSF, potensial flooding.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: FIRLI AN’NISAVIA
Date Deposited: 17 Jul 2023 07:38
Last Modified: 17 Jul 2023 07:38
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/35942

Actions (login required)

View Item View Item