Simatupang, Margaretha Yuliani Br (2023) Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein macrophage infectivity potentiator dengan struktur awal 2UZ5. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.
![[thumbnail of ABSTRAK]](http://repository.ukwms.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf Download (317kB) |
|
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf Download (76kB) |
|
Text (BAB 2)
BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (296kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 3)
BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (40kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 4)
BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (716kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf Download (191kB) |
Abstract
Legionnaires’ disease atau penyakit Legionnaires termasuk infeksi bakteri akut yang disebabkan oleh adanya bakteri Legionella pneumophila pada organ paru-paru manusia. Baketeri Legionella pneumophila dapat berkembang biak pada suhu di bawah 20 °C dan dapat berkembang biak pada suhu air berkisar antara 20-45°C. Salah satu faktor virulensi dari Legionella pneumophila adalah Macrophage Infectivity Potentiator (MIP) yang mempunyai peran penting pada beberapa bakteri Gram negatif. MIP mempunyai struktur homolognya seperti FKBP12 manusia dengan protein pengikat FK506 (FKBP). Struktur awal protein MIP Legionella pneumophila dapat diamati dengan NMR, mengetahui struktur awal tersebut penting untuk mendapatkan hasil akhir simulasinya. Hasil perhitungan RMSD untuk semua atom protein yaitu memiliki rata-rata sebesar 0,39 nm sedangkan untuk atom penyusun tulang belakang memiliki rata-rata sebesar 0,33 nm. Nilai perhitungan RMSF untuk semua atom protein yaitu memiliki rata-rata sebesar 0,29 nm sedangkan untuk atom penyusun tulang belakang memiliki rata-rata sebesar 0,16 nm. Dalam perhitungan RMSF ini penomoran struktur protein terbagi menjadi 14 sub bagian berdasarkan gambar struktur. Ikatan hidrogen yang terbentuk selama 40 ns merupakan hasil 92 ikatan, dari ke 92 ikatan diambil 15 ikatan berdasarkan residu pada sisi aktif. Pengaruh potensial flooding tidak dapat dilihat dalam simulasi ini karena sistem tidak mencapai kesetimbangan selama 40 ns. Interaksi ikatan hidrogen Mip yang dapat mempertahankan kestabilan struktur yaitu pada residu T50, Q78, Y55, D66, G57, S67, T68, I83, W86, I101, F126, T87, Q81, L90, Y109 dan R112.
| Item Type: | Thesis (Undergraduate) |
|---|---|
| Department: | S1 - Farmasi |
| Contributors: | Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherina NIDN0705047401 UNSPECIFIED |
| Uncontrolled Keywords: | Legionella pneumophila, macrophage infectivity potentiator, simulasi dinamik molekul, 2UZ5, apo |
| Subjects: | Pharmacy |
| Divisions: | Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program |
| Depositing User: | MARGARETHA YULIANI B. S |
| Date Deposited: | 14 Jul 2023 08:09 |
| Last Modified: | 14 Jul 2023 08:09 |
| URI: | http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/35708 |
Actions (login required)
 |
View Item |