Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein FKBP12 dengan senyawa sikloheksimida (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil]-2,6-piperidindion-N-(3,5-dimetiladaman-1-il)etanamida) dengan posisi gugus adamantan mendekati Y82

Amanda, Regita Septi Dwi (2023) Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein FKBP12 dengan senyawa sikloheksimida (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil]-2,6-piperidindion-N-(3,5-dimetiladaman-1-il)etanamida) dengan posisi gugus adamantan mendekati Y82. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (300kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (186kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (663kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (194kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (765kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (405kB)

Abstract

Imunosupresi adalah berkurangnya kapasitas sistem kekebalan tubuh untuk merespon antigen asing secara efektif, termasuk antigen permukaan pada sel tumor. FKBP12 adalah imunofilin 11,8-kDa yang dapat mengikat obat imunosupresan FK506 (tacrolimus) dan rapamycin (sirolimus) dengan afinitas yang tinggi. Kedua ligan tersebut berikatan erat dengan FKBP12 kemudian menghambat aktifitas cis-trans peptidyl-prolyl isomerase. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mempelajari interaksi kompleks ligan turunan sikloheksimida, (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6-piperidindion-N-(3,5-dimetiladamantan1-il)etanamida) dengan bentuk apo dari protein FKBP12 dengan metode simulasi dinamika molekul. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dengan medan gaya AMBER18 untuk mensimulasikan kompleks. Simulasi dinamika molekuler 200 ns menunjukkan nilai RMSD rata-rata untuk semua atom protein dan untuk atom backbone masing-masing sebesar 0,16 nm dan 0,08 nm. Hasil rata-rata nilai perhitungan RMSF untuk semua atom protein memiliki rata-rata 0,11 nm, sedangkan dan untuk atom penyusun tulang belakang protein memiliki rata-rata 0,05 nm. Residu yang berinteraksi ikatan hidrogen dengan ligan adalah Y26, R42, dan Y82. Interaksi yang dominan antara protein FKBP12 dengan ligan adalah interaksi hidrofobik.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: FKBP12, imunosupresi, simulasi dinamika molekul, turunan sikloheksimida.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Regita Septi Dwi Amanda
Date Deposited: 13 Jul 2023 06:02
Last Modified: 13 Jul 2023 06:02
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/35704

Actions (login required)

View Item View Item