Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein macrophage infectivity potentiator dengan struktur awal 1fd9

Naisuri, Arkenjela Girlani (2022) Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein macrophage infectivity potentiator dengan struktur awal 1fd9. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (241kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (64kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (287kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (52kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (383kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (122kB)

Abstract

Penyakit Legionnaire adalah penyakit menular yang menyebabkan pneumonia. Faktor patogen dari Legionella pneumophila yang penting adalah macrophage infectivity potentiator (Mip). Superposisi 2VCD dengan 2UZ5 dan 1FD9 mengungkapkan bahwa solusi kompleks struktur lebih mirip dengan apo-struktur kristalografi 1FD9 daripada 2UZ5 yang diturunkan dari NMR. Hal ini dapat dilihat dari nilai RMSD IFD9 dan 2UZ5 yaitu 0,231 nm dan 0,277 nm (Elisabeth et al, 2022). Hasil perhitungan nilai rata-rata RMSD dimana pada waktu 0-10 ns, 10-20 ns, dan 20-40 ns memiliki nilai rata-rata 0,2209 nm, 0,2297 nm dan 0,2388 nm. Dapat dilihat dari nilai rata-rata RMSD sebelum terjadi potensial flooding terlihat lebih rendah namun pada waktu 10-20 ns terjadi peningkatan karena adanya potensial flooding, dan setelah potensial flooding dihilangkan pada 20-40 ns nilai rata-rata RMSD meningkat dan tidak kembali pada struktur semuladapat dilihat pada perubahan konformasi. Terdapat 6 residu dari struktur protein Mip yang memiliki sifat dinamika yang fleksibel yaitu F77,Q81,V82,Y109,P117, dan I118. Keenam residu ini memiliki nilai RMSF yang cukup tinggi dengan nilai rata-rata RMSF adalah 0,1311 nm.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
UNSPECIFIED
Uncontrolled Keywords: penyakit legionaire, Macrophage Infectivity Potentiator (MIP), simulasi dinamika molekul, potensial flooding, 1FD9.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Users 12249 not found.
Date Deposited: 30 Jan 2023 03:53
Last Modified: 30 Jan 2023 03:53
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/33743

Actions (login required)

View Item View Item