Simulasi dinamika molekul kompleks ligan turunan senyawa sikloheksimida (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksiletil]-2,6-piperidindion-N-(3,5-dimetiladamantan-1-il)etanamida) dengan protein macrophage infectivity potentiator dari Legionella pneumophila

Dewi, Aura Yunita Cantika Dewi (2021) Simulasi dinamika molekul kompleks ligan turunan senyawa sikloheksimida (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksiletil]-2,6-piperidindion-N-(3,5-dimetiladamantan-1-il)etanamida) dengan protein macrophage infectivity potentiator dari Legionella pneumophila. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (290kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (151kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (339kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (37kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (832kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (171kB)

Abstract

Bakteri Gram negatif Legionella pneumophila menyebabkan penyakit legioner. Bakteri ini memiliki protein macrophage infectivity potentiator (Mip), protein virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari interaksi kompleks protein Mip dengan turunan sikloheksimida, (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6- piperidindion-N-(3,5-dimetiladamantan-1-il)etanamida), menggunakan metode simulasi dinamika molekul klasik. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dengan medan gaya AMBER18 untuk mensimulasikan kompleks. Nilai rata-rata RMSD untuk semua atom protein dan atom tulang belakang masing-masing adalah 0,26 dan 0,18 nm. Hal ini menunjukkan bahwa fleksibilitas atom rantai samping lebih tinggi daripada atom tulang belakang. Analisis nilai RMSF juga dibuktikan dengan hasil Dihedral angle principal component analysis (dPCA) yang terdapat pada residu asam amino yaitu I118, V82, Q81, F77 dan P117.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina Widjajakusuma
NIDN0705047401
ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: macrophage infectivity potentiator, Legionella pneumophila, simulasi MD, turunan sikloheksimida, faktor virulensi
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Aura Yunita Cantika Dewi
Date Deposited: 11 Jan 2022 09:06
Last Modified: 11 Jan 2022 09:08
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/28012

Actions (login required)

View Item View Item